Институт был учрежден постановлением коллеги научного сектора Наркомпроса РСФСР от 30 марта 1920 года «О преобразовании Психоневрологического музея в Московский психоневрологический институт». Основателем и музея, и института был Федор Егорович Рыбаков (1868 – 1920), ученик С.С. Корсакова, автор известного руководства по психиатрии и сохраняющих до настоящего времени свое значение работ, посвященных проблемам социальной психиатрии, алкоголизма, аффективных психозов.

Сегодня Московский НИИ психиатрии – ведущее научно-исследовательское и лечебно-диагностическое учреждение России в области психиатрии. Институт – один из старейших научно-исследовательских коллективов страны с многолетней историей. В нем сохранились высокие клинические традиции, заложенные крупнейшими отечественными учеными-психиатрами. Помимо большой научно-исследовательской работы, Московский НИИ психиатрии всегда был ориентирован на научно-практические задачи. Большинство отделов института возглавляют известные и наиболее авторитетные ученые-психиатры нашей страны.